Первое упоминание крепости принадлежит Плинию Младшему (I век н. э.). Во II веке нашей эры это был хорошо укреплённый римский город в Колхиде. Позднее подпал под влияние Византии. Название «Гонио» впервые упоминается в сообщении трапезундского историка Михаила Панарета в XIV веке. Некоторое время там было место генуэзской торговли. В 1547 году Гонио стал частью Оттоманской империи, это продолжалось до 1878 года, когда после договора Сан-Стефано Аджария стала частью Российской империи.
Город также был известен своим театром и ипподромом. Кроме того, могила Апостола Матфия, избранного в число двенадцати апостолов после предательства Иуды Искариота, предположительно может быть в крепости Гонио. Однако Грузинское правительство в настоящее время запрещает проводить раскопки возле могилы. Другие археологические раскопки проводятся в крепости, уделяется особое внимание римским временам.